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蜂蜜宜在饭前1小时或饭后2小时后食用。尽量不和性凉的食品同时饮用，以免引起腹泻。胃酸过多或胃、十二指肠溃疡患者，在饭前1个半小时饮用蜂蜜水，不仅能抑制胃酸分泌，而且能使胃酸水平降低，有利于溃疡的愈合。神经衰弱者可在睡前喝蜂蜜水，因为蜂蜜有安神益智、改善睡眠之功。
由于蜂蜜是弱酸性的液体，能与金属起化学反应，在贮存过程中接触到铅、锌、铁等金属后，会发生化学反应。因此，应采用非金属容器，如陶瓷、玻璃瓶、无毒塑料桶等容器来贮存蜂蜜。蜂蜜应放在阴凉、干燥、清洁、通风、温度保持在5～10℃、空气湿度不超过75%的环境中。
装蜂蜜的容器要盖严，防止漏气，减少蜂蜜与空气接触。蜂蜜有从空气中吸收水分的能力，蜂蜜吸收过多的水分会使浓度下降，易引起发酵变质。取用蜂蜜的工具应洗净擦干，每次取食蜂蜜后，要将容器盖好，以防污染。
好的蜂蜜在15～18℃以下时会出现结晶，变成白色或淡黄色结晶体，结晶蜂蜜饮用时可用40-50℃水化开。